祖先のおまつりは神棚とは別に御霊舎（みたまや）でおこないます。
これは仏式でいう仏壇にあたるもので、祖先の霊が鎮まる霊璽（れいじ）を納めるところです。
御霊舎には（おとく）を すえ霊璽を納めます。
御霊舎は、神棚とは別の場所に設けますが、間取りなどの関係で神棚の下や、隣に設けることもあります。
御霊舎を神棚の下に設ける場合 は、神棚を大人が見上げる位の高さに、御霊舎は上半身の高さに設けます。
又、神棚の隣に設ける場合は、御霊舎の位置をやや低くするか、それが出来ない場合 は神棚との座位を考えて並べます。
又、御霊舎の中に納める霊璽の並べ方については、父母、祖父母、曽祖父母（もしくは高祖父母）まで並べてまつりそれ以前の先祖の霊璽は（おとく）に納め式年祭の時に取り出して祭祀を行います。